פירוש הכינוי "פרעה" במצרית העתיקה הוא "הבית הגדול" (פר = בית; עא = גדול) וומשמעותו בהשאלה: הארמון, ומכאן נהפך לכינוי למלך. השימוש בכינוי זה נפוץ במצרים כאחד מכינויו הרבים של המלך מן האלף ה-2 . בתקופה מאוחרת שימש הכינוי במקום שם המלך, אך לעתים נדירות .

לעומת זאת, בלשון המקרא "פרעה" היה הכינוי המקובל למלך מצרים - בדרך כלל ללא ציון שמו של המלך. מתוך 274 ההיקרויות של הכינוי "פרעה" במקרא, רק בספרים ההיסטוריים נזכרים שמות המלכים - ולעתים ללא "פרעה". למשל: "שִׁישַׁק מֶלֶךְ מִצְרַיִם " מן השושלת ה-22 שכבש את יהודה וישראל בשנתו מלוכתו החמישית של רחבעם מלך יהודה (מלכים א יד 25), או בתוספת הכינוי "פרעה" כמו למשל: "פַרְעֹה נְכֹה" (מלך של השושלת ה-26 במאה ה-7 לפסה"נ), שהרג את המלך יאשיהו במגידו (מלכים ב כג 29 - 34 ); "פַּרְעֹה חָפְרַע " (ירמיהו מד 30).

רוב האזכורים של הכינוי "פרעה" מופיעים בסיפורי האבות, בסיפור השעבוד ובסיפור יציאת מצרים. מאחר שבתקופות קדומות אלה במצרים עדיין לא נהגו להשתמש בכינוי זה כתחליף לשם המלך, החוקרים מניחים שהשימוש הוא אנאכרוניסטי (כלומר, שימוש במושג מאוחר בתוך סיפור קדום, לכאורה).

חקר המקרא וההיסטוריה של עם ישראל מעלה שאלות לגבי זיהוים של המלכים שכונו "פרעה" במקום שם המלך: מי היה אותו פרעה שלקח את שרי אשת אברם, מי היה פרעה שגידל את יוסף ומינה אותו למשנה למלך, ובעיקר, מיהו אותו פרעה מתקופת השעבוד ויציאת מצרים.

מאחר שאירועים אלה אינם נזכרים בהיסטוריה של מצרים, קשה מאוד לתארך אותם מנקודת ראות היסטורית.